Η Γραμματεία είναι όργανο διοίκησης του Ειδικού Λογαριασμού και έχει ως σκοπό να: Παρακολουθεί τη λογιστική και διαχειριστική κίνηση του Λογαριασμού. Εκτελεί τις αποφάσεις της Επιτροπής. Εισηγείται για θέματα λειτουργίας και ανάπτυξης του Λογαριασμού.